ارتحال علامه سید جعفر مرتضی العاملی موجب تاسف و تاثر شد؛ این دانشمند بزرگ در عصر حاضر یکی از برجسته ترین سیره نگاران جهان اسلام و همچنین یکی از مورخان برجسته شیعی در گرایش تاریخ صدر اسلام بود و با درگذشت وی، حوزه‌های علمیه و مراکز دینی یک فقیه و محقق بزرگ را از دست داد.
آیت‌الله علامه سید جعفر مرتضی عاملی در تاریخ و سیره‌نگاری، طرحی نو در حوزه‌های علمیه و همچنین در میان پژوهشگران علوم دینی درانداخت و به طور کل به باور بسیاری از محققان آثار علامه سید جعفر مرتضی در دفاع از حریم تشیع و معارف قرآن و اهل بیت(علیهم السلام) و نیز پیراستن و تصحیح دیدگاه‌ها نسبت به حوادث و رویدادهای تاریخ اسلام جایگاه بلندی دارند و از فعالیت‌های مهم او در راه نشر فضائل اهل بیت(علیهم‌السلام) و ارائه تاریخ صحیح و روشن از این خاندان پاک و پیراستن شُبهات و شکوک و در دفاع از حریم رسول الله(صلی‌الله‌علیه‌وآله) و ائمه طاهرین(علیهم‌السلام) صرف نمود و با آن‌که وی سال‌های اخیر مدت‌ها بیمار بود و با همان وضعیت دشوار باز هم مشغول تألیفات بود و او یادآور بزرگانی چون: آقا بزرگ تهرانی و به تنهایی یک موسسه بزرگ علمی بود، تالیف سیره پیامبراعظم(۳۵ جلد)، امام علی(۵۳ جلد)، امام حسین(۲۴جلد) و مأساه الزهراء و دهها اثر ارزشمند دیگر با گستره نوفهمی‌ها و تتبع آثاری را در موضوعات متنوع معارف و تاریخ اسلامی نوشته است.
این دانشمند لبنانی، روز شنبه ۲۷ صفر ۱۴۴۱ هجری قمری برابر ۴ عقرب ۱۳۹۸ خورشیدی پس از یک دوره بیماری در یکی از شفاخانه‌های بیروت درگذشت و مراسم تشیع وی روز یکشنبه از مجمع «الامام الکاظم(علیه‌السلام)» بیروت آغاز و در عصر امروز در شهر «عیتا الجبل» به خاک سپرده شد.
من سوگ فقدان این علامه‌ی شهیر را به جامعه‌ی علمی و دینی لبنان و حوزه‌های علمیه تسلیت می‌گویم و از خداوند متعال برای آن مرحوم بهشت برین در جوار انبیاء و اولیاء و ائمه اطهار(علیهم‌السلام) و برای بازماندگانش صبر جمیل و اجر جزیل مسئلت می‌نمایم و خداوند متعال این عالم جلیل‌القدر را با اجداد طاهرینش محشور فرماید.
عاش سعیداً و مات سعیداً
با احترام/ سید جعفرعادلی حسینی